Kegiatan ekstrakurikuler merupakan salah satu alat pengenalan siswa pada hubungan sosial. Di dalamnya terdapat pendidikan pengenalan diri dan pengembangan kemampuan selain pemahaman materi pelajaran.
Berangkat dari pemikiran tersebut, di MAN Keerom diselenggarakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler.
Selain OSIS sebagai induk kegiatan ektrakurikuler di sekolah, kegiatan ektrakurikuler lainnya adalah:
- Pramuka
- Prakarya dan Kewirausahaan
- Olahraga (Bola Voli, Bola Basket)
- Kerohanian / ROHIS
- Seni